لا يزال النظام الخليفي يعرقل عملية تسجيل الكثير من الوقفيّات التابعة للأوقاف الجعفرية في جهاز التسجيل العقاري، بغية تحويل الوقف الشرعي إلى ملك خاص به.
امتناع النظام عن التسجيل لا يبطل وقفيتها ، ولا يحولها إلى مباحات عامة.
ويشار إلى أن التساؤل عن مصير الوقفيات ليس بجديد إذ تمت إثارته في سنوات عدة وأبرزها في شهر أبريل عام 2023 عندما صرح وزير العدل الخليفي من أصول أردنية نواف المعاودة أن الدولة لا تعترف بالوقفيات غير المسجلة التي لم تصدر لها وثائق رسمية في الماضي بأنها أوقاف أصلا.
الأمر الذي رد عليه رئيس المجلس العلمائي السيد مجيد المشعل، قائلاً أن الوقف شأن شرعي له اشتراطاته الشرعيّة، وليس من ضمنها التوثيق الرسمي، وعلى الدولة الحديثة في البلاد المسلمة أن تنظّم وضعها مع الوقفيّات الشرعيّة باستصدار وثائق لها، لا أن تصادرها بحجّة عدم التوثيق.